Agrupamento de linhas por hora usando Django

Para corrigi-lo, anexe order_by() para consultar a cadeia. Isso substituirá a ordenação padrão do modelo Meta . Assim:

Test
.objects
.extra({'hour': 'strftime("%%H", created_on)'})
.order_by()                                        #<------ here
.values('hour')
.annotate(count=Count('id'))

No meu ambiente ( Postgres também ):

>>> print ( Material
         .objects
         .extra({'hour': 'strftime("%%H", data_creacio)'})
         .order_by()
         .values('hour')
         .annotate(count=Count('id'))
         .query )

  SELECT (strftime("%H", data_creacio)) AS "hour", 
         COUNT("material_material"."id") AS "count" 
    FROM "material_material" 
GROUP BY (strftime("%H", data_creacio))

Saiba mais em order_by django docs :

Nota lateral :usando extra() pode introduzir vulnerabilidade de injeção de SQL ao seu código. Use isso com precaução e escape de quaisquer parâmetros que o usuário possa introduzir. Comparar com documentos :