Um índice em uma tabela do tamanho que você mencionou geralmente deve poder ser descartado rapidamente (e certamente mais rapidamente do que 3 ou mais minutos). Parece-me que a tabela/índice estava em uso e, portanto, não pôde ser descartada.

Você pode confirmar isso consultando o pg_stat_activity table e procurando atividade envolvendo a tabela na qual você criou o índice.