A resposta mais fácil é não tentar fazer isso. Em vez disso, faça com que suas migrações do Alembic representem o layout completo do banco de dados. Em seguida, todas as migrações que você fizer serão baseadas nas alterações no banco de dados existente.

Para fazer uma migração inicial se você já tiver um banco de dados, aponte temporariamente para um banco de dados vazio e execute alembic revision --autogenerate -m "base" . Em seguida, aponte de volta para o banco de dados real e execute alembic stamp head dizer que o estado atual do banco de dados é representado pela migração mais recente, sem realmente executá-lo.

Se você não quiser fazer isso por algum motivo, você pode optar por não usar --autogenerate e, em vez disso, gere revisões vazias que você preenche com as operações desejadas. Alembic não o impedirá de fazer isso, é apenas muito menos conveniente.