Eu mesmo tive problemas com a leitura de arquivos sql e descobri que muitas vezes a sintaxe é quebrada se houver comentários de linha única no arquivo sql. Como em R você armazena a instrução sql como uma string de linha única, se houver traços duplos no sql, ele comentará essencialmente qualquer código após o traço duplo.
Esta é uma função que normalmente uso sempre que estou lendo um arquivo .sql para ser usado em R.
getSQL <- function(filepath){
con = file(filepath, "r")
sql.string <- ""
while (TRUE){
line <- readLines(con, n = 1)
if ( length(line) == 0 ){
break
}
line <- gsub("\\t", " ", line)
if(grepl("--",line) == TRUE){
line <- paste(sub("--","/*",line),"*/")
}
sql.string <- paste(sql.string, line)
}
close(con)
return(sql.string)
}