Acho que não poderia explicar melhor do que o manual já explica:
Ao escolher qual tipo de índice usar, GiST ou GIN, considere estas diferenças de desempenho:
As pesquisas de índice GIN são cerca de três vezes mais rápidas que o GiST
Índices GIN demoram cerca de três vezes mais para serem construídos do que GiST
Os índices GIN são moderadamente mais lentos para atualizar do que os índices GiST, mas cerca de 10 vezes mais lentos se o suporte de atualização rápida estiver desabilitado [...]
Os índices GIN são duas a três vezes maiores que os índices GiST
Link e cotação referem-se ao manual do Postgres 9.4. As estimativas de tamanho e desempenho já pareciam um pouco desatualizadas. Com o Postgres 9.4, as chances mudaram substancialmente em favor do GIN .
As notas de lançamento do Postgres 9.4 incluem:
Reduzir o tamanho do índice GIN (Alexander Korotkov, Heikki Linnakangas) [...]
Melhore a velocidade de pesquisas de GIN multi-chave (Alexander Korotkov, HeikkiLinnakangas)
As estimativas de tamanho e desempenho foram removidas do manual.
Observe que existem casos de uso especiais que exigem um ou outro.
Uma coisa que você não entendeu:você nunca obter resultados errados com um índice GiST. O índice opera em valores de hash, que podem levar a falsos positivos no índice. Isso só deve se tornar relevante com um número muito grande de palavras diferentes em seus documentos. Os falsos positivos são eliminados depois de verificar novamente a linha real em qualquer caso. O manual:
Um índice GiST tem perdas, o que significa que o índice pode produzir falsas correspondências, e é necessário verificar a linha real da tabela para eliminar essas falsas correspondências. (O PostgreSQL faz isso automaticamente quando necessário. )
Minha ênfase em negrito.
