Eu enfrentei o mesmo problema. Eu segui estes passos e está funcionando bem,

1. 
   Vá para o seu espaço de trabalho, por exemplo C:\Espaço de trabalho
   
2. 
   Em seguida, abra a pasta .metadata.plugins do seu espaço de trabalho.
   
3. 
   Exclua abaixo de 2 pastas,
   
   • org.eclipse.e4.workbench
   • org.eclipse.equinox.p2.ui.sdk

O Eclipse deve começar depois disso.