A resposta geral é:
DELETE FROM table_name WHERE some_column = '';
ou
DELETE FROM table_name WHERE some_column IS NULL;
Veja:http://dev.mysql.com/doc/refman /5.0/en/delete.html
Mais informações quando você postar suas tabelas!~
Além disso, certifique-se de fazer:
SELECT * FROM table_name WHERE some_column = '';
antes de excluir, para que você possa ver quais linhas você está excluindo! Eu acho que no phpMyAdmin você pode até mesmo selecionar e depois "selecionar tudo" e excluir, mas não tenho certeza. Isso seria muito rápido e muito seguro.