O phpMyAdmin começou a exibir a parte fracionária dos timestamps a partir de 4.1.0 . Se você quiser exibir seus carimbos de data/hora sem a parte fracionária, poderá adaptar esta consulta:
SELECT DATE_FORMAT(`date`, '%Y-%m-%d %H:%i:%s') FROM your_table;
O resultado ficaria assim:
MariaDB [my_database]> SELECT DATE_FORMAT(`date`, '%Y-%m-%d %H:%i:%s') `date`
FROM your_table LIMIT 1;
+---------------------+
| date |
+---------------------+
| 2014-01-22 17:54:11 |
+---------------------+
1 row in set (0.00 sec)
MariaDB [my_database]>