você não deve usar o phpmyadmin para isso, você deve usar o mysqldump. a partir da linha de comando seu
mysqldump -uMYSQL-USER -h server -pMYSQL-USER database_name > /path-to-export
de um script php
$command = "mysqldump -uMYSQL-USER -h server -pMYSQL-USER database_name > /path-to-export/file.sql";
exec($command, $output, $return_var);
isso é fácil de automatizar com um cronjob
