Eu tive o mesmo problema e fiz uma classe PHP leve para fazer formatação/realce de sintaxe.

https://github.com/jdorn/sql-formatter

Eu não testei totalmente com consultas complexas (sub-seleções, uniões, etc.), mas parece funcionar muito bem para casos comuns.

Para obter resultados totalmente precisos, você realmente precisa de um analisador SQL completo como o phpMyAdmin usa, mas que usa mais de 10.000 linhas de código espalhadas por muitos arquivos e provavelmente é um exagero para depuração simples.