A julgar pelo fato de você obter "#1064 -" como saída, posso encontrar apenas dois lugares na fonte do phpMyAdmin 3.3.9.2 onde o erro pode estar ocorrendo. A primeira está na chamada para mysql_error ou mysqli_error , dependendo de qual back-end sua instalação está usando. Vejo que você disse que mysql_error funciona bem; se a página de informações do phpMyAdmin que você obtém ao fazer login pela primeira vez indica que o mysqli está sendo usado, você pode querer verificar isso também.

Mas se mysql_error funcionar, parece mais provável que o problema esteja na função de conversão do conjunto de caracteres do phpMyAdmin PMA_DBI_convert_message em library/database_interface.lib.php. Você pode confirmar isso facilmente inserindo return $message; no topo dessa função, ignorando todo o resto. Se isso fizer (mais ou menos) funcionar, você provavelmente vai querer determinar o que $server_language e $GLOBALS['charset'] estão sendo definidos; veja se a conversão está usando iconv , recode_string , libiconv , ou mb_convert_encoding; e, em seguida, tente descobrir por que qualquer um deles está falhando ao converter a mensagem de erro corretamente.