Este é um mecanismo interno do phpmyadmin para gerenciar o relacionamento entre tabelas.
Este recurso é realmente útil para tabelas MYISAM que não suportam chaves estrangeiras e restrições.
Ao definir relações internas no phpmyadmin você vincula tabelas que, de outra forma, não pode ser vinculado. Essas informações são armazenadas em uma tabela específica do phpmyadmin dentro do seu servidor MySQL (phpmyadmin.PMA_relation).

No entanto, esta é apenas uma definição interna do phpmyadmin e não tem efeito no próprio mysql (nenhuma restrição de chave estrangeira ou integridade referencial é aplicada).

Veja aqui para informações adicionais.