Existem alguns links do google sobre esse mesmo problema que eu segui que me ajudaram a corrigir isso (eu deveria ter passado mais tempo pesquisando antes de postar!). Então para resolver o problema eu precisava criar um banco de dados phpmyadmin e importar create_tables.sql e atribuir um novo usuário com privilégios totais e então descomentar o arquivo config.inc.php em:

/* User used to manipulate with storage */ $cfg['Servers'][$i]['controlhost'] = ''; $cfg['Servers'][$i]['controluser'] = 'phpmyadmin';

e descomente as linhas abaixo

/* Storage database and tables */ $cfg['Servers'][$i]['pmadb'] = 'phpmyadmin';

Eu também precisava adicionar algumas linhas da nova versão config.sample.inc Havia um bom link descrevendo isso que eu queria salvar, mas tive que limpar o cache do navegador para recarregar localhost/phpMyAdmin e, ao fazer isso, perdi meu histórico e esse link!

Eu sei que esta explicação não está exatamente descrita, mas espero que possa ajudar qualquer pessoa que tenha um problema semelhante após atualizar o phpMyAdmin. Ainda não tenho certeza do que todos esses recursos fazem, mas está tudo corrigido agora, obrigado!