O problema eram as permissões erradas para o /etc/phpMyAdmin diretório. O usuário do servidor web, apache, tinha permissões adequadas para o session.save_path diretório, mas o apache não pôde ler meu arquivo config.inc.php. Alterar o proprietário de /etc/phpMyAdmin para o usuário apache e alterar as permissões para 755 resolveu o problema.

Olhando para o checkConfigSource() função em Config.class.php me levou a acreditar que se o problema fosse acessar o arquivo de configuração, eu teria recebido o erro 'Existing configuration file (%s) is not readable.' em vez de Call to undefined function __() Alguém sabe porque não foi assim?

Este foi um problema/solução bastante básico, mas a menos que alguém sugira o contrário, acho que vou deixar de lado, já que esse problema/solução exato não é abordado em outras discussões do Fatal error: Call to undefined function __() in /usr/share/phpMyAdmin/libraries/core.lib.php erro ao tentar iniciar o phpMyAdmin após a instalação.