Execute no bash:
redis-cli KEYS "prefix:*" | xargs redis-cli DEL
ATUALIZAÇÃO
OK eu entendi. Que tal desta forma:armazene o prefixo incremental adicional atual e adicione-o a todas as suas chaves. Por exemplo:
Você tem valores como este:
prefix_prefix_actuall = 2
prefix:2:1 = 4
prefix:2:2 = 10
Quando você precisar limpar dados, primeiro altere prefix_actuall (por exemplo, defina prefix_prefix_actuall =3), para que seu aplicativo grave novos dados nas chaves prefix:3:1 e prefix:3:2. Então você pode pegar valores antigos com segurança de prefix:2:1 e prefix:2:2 e limpar as chaves antigas.