Você pode usar uma sintaxe diferente daquela que você está tentando que alcance o mesmo resultado, mas não se depare com a limitação no SERVER-3544.
Use esta sintaxe:
db.collection.find({ "unusual": {"$elemMatch":{"defindex":363,"_particleEffect":{"$in":[6,19]} }} })
Isso corresponderá a qualquer documento que tenha um elemento de matriz com 313 e 6 ou 19.
Também funciona com
{$in:[]} para defindex e _particleEffect, desde que você pretenda corresponder a qualquer combinação das duas listas. db.collection.find({ "unusual": {"$elemMatch":{"defindex":{"$in":[313,363]},"_particleEffect":{"$in":[6,19]} }} })
