Acho que você precisa atualizar
GeoJSON.Point para um subdocumento
com um esquema adequado:GeoJSON.Point = new mongoose.Schema({
'type' : { type: String, default: "Point" },
coordinates: [ { type: "Number" } ]
});
Combinado com o
minimize
opção, que está habilitada por padrão, isso fará com que o Mongoose salve apenas o location propriedade se estiver realmente definida. 
