Consegui resolver o mesmo problema:nos últimos três dias meus aplicativos (node.js, express, mongoose, graphql) se conectaram ao mongoDB (na nuvem) sem nenhum problema, mas hoje obtive:

Erro:MongoNetworkError:falha ao conectar ao servidor [cluster0-shard-00-00-cpkkj.mongodb.net:27017] na primeira conexão [MongoNetworkError:connection 5 to cluster0-shard-00-00-cpkkj.mongodb. net:27017 fechado]

Verifiquei o IP do meu PC e pronto:mudou e não é mais o mesmo IP que adicionei à Whitelist, então adicionei o novo e o problema foi resolvido.