Algumas coisas que você pode fazer:

• Execute mongos (roteador de fragmentos) nos nós do conjunto de réplicas e crie um único fragmento representando todo o banco de dados. Mongos teria visibilidade interna do ip/porta para cada nó do conjunto de réplicas. Em seguida, seu aplicativo java externo se conectaria diretamente ao mongos. Nota:O uso de mongos não faz parte do projeto de andaimes que a 10gen fornece. Você precisaria adicionar isso sozinho.
• Configure o Azure Connect para fazer a ponte entre seu aplicativo Java e a implantação do conjunto de réplicas do MongoDB. Há um sinalizador --ipv6 que você precisa adicionar à linha de comando do mongod (já que o Azure Connect dá suporte apenas ao tráfego IPv6 pelo túnel). Não me lembro se esse sinalizador está definido no scaffolding fornecido pelo 10gen e o ipv6 está desabilitado por padrão.