Imagine que você deseja excluir todo o documento com o campo "nome" vazio. Então aqui está o código para isso:
require 'rubygems'
require 'mongo'
db = Mongo::Connection.new("localhost").db("db_name")
coll = db.collection("coll_name")
coll.find({:name => ""}).each do |empty_doc|
coll.remove(empty_doc)
end
