Você terá que iterar sobre todos os seus documentos no código e usar uma substituição de regex para limpar as strings.
Veja como você faria isso no shell do mongo para um
test coleção com um phone campo que precisa ser limpo. db.test.find().forEach(function(doc) {
doc.phone = doc.phone.replace(/[^0-9]/g, '');
db.test.save(doc);
});
