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MongoDB remove um documento de subdocumento de um subdocumento


você deve usar a operação $pull para excluir o item da matriz. 
        var query = Query.And(Query.EQ("_id", applicationId),
                         Query.EQ("Settings.Key",  "ImportDirectory"));
        var update = Update.Pull("Settings.$.Overrides", new BsonDocument(){
            { "Name", "PathDirectory" }
        });
        database.Applications().Update(query, update);