Isso está sendo causado porque você tem um ciclo formado pelas classes referenciando umas às outras, claramente o driver não está equipado para lidar com isso e não estou convencido de que deveria.

Você precisa decidir como deseja que esses dados sejam modelados no banco de dados.
Se você estiver tendo duas coleções, uma de empresas e outra de funcionários, em um nível de dados você deve incluir apenas id's para as referências.

Se você estiver tendo apenas uma única coleção de empresas, basta alterar a classe de funcionário para fazer referência à empresa com um id em vez de uma referência de objeto.

Isso só precisa acontecer no banco de dados, porém, você pode estender seu modelo em seu código c# para adicionar automaticamente a referência do objeto ou carregá-lo com preguiça etc.