Ainda não há função findAndModify. Em vez de findAndModify, você terá que executar um comando genérico de banco de dados para fazer isso:
$db->command(
array(
"findandmodify" => "counters",
"query" => array("_id"=> "total"),
"update" => array($inc=> array("total"=> 1)),
)
);
Há um problema em aberto em https://jira.mongodb.org/browse/PHP-117 para implementar findAndModify embora.