O site do mongodb tem documentação sobre o que fazer (somente em caso de emergência) quando você precisa reconfigurar um conjunto de réplicas quando os membros estiverem inativos . Isso soa como a situação em que você está.

Basicamente, se você estiver na versão>=2.0 e for uma emergência, poderá adicionar force: true ao comando de configuração do conjunto de réplicas.