Documentos incorporados só podem existir como itens em uma matriz. Isso é por design, você pode perguntar aos aos autores por seus motivos :)
Você pode querer usar um
DBRef :Person = new Schema
mother: { type: Schema.ObjectId, ref: 'Person' }
father: { type: Schema.ObjectId, ref: 'Person' }
(observe que você não precisa do
add ligar) Consulte os documentos para preencher/DBRef .
