O Mongoose é de nível superior e usa o driver MongoDB (é uma dependência, verifique o package.json), então você usará isso de qualquer maneira, considerando essas opções. A pergunta que você deve estar se fazendo é:"Desejo usar o driver bruto ou preciso de uma ferramenta de modelagem de documento-objeto?" Se você estiver procurando por uma ferramenta de modelagem de objetos (ODM, uma contrapartida dos ORMs do mundo SQL) para pular algum trabalho de nível inferior, você quer o Mongoose.

Se você quer um driver, porque pretende quebrar muitas regras que um ODM pode impor, vá com o MongoDB. Se você deseja um driver rápido e pode viver com alguns recursos ausentes, experimente o Mongolian DeadBeef:https://github.com/marcello3d/node-mongolian