O problema é que mangusto ainda usa collection.ensureIndex e deve ser atualizado por eles em um futuro próximo. Para se livrar da mensagem, você pode fazer o downgrade usando a versão 5.2.8 em seu package.json (e excluir qualquer cache, o último recurso é desinstalá-lo e instalá-lo com npm install [email protected] ):
EDITAR: A partir desta edição, o Mongoose está agora na v5.4.13. De acordo com seus documentos, estas são as correções para os avisos de descontinuação ...
mongoose.set('useNewUrlParser', true);
mongoose.set('useFindAndModify', false);
mongoose.set('useCreateIndex', true);
