MongoDB
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Como incrementar o valor existente no MongoDB


De acordo com o MongoDb 3.6:

db.collection.update(query, update, options)

O significado é que você pode upser vários documentos usando update.

Primeiro você deve criar um array do seu mapa que contém apenas o valor.
const arrayOfValues = ['value_01', 'values_02'];

Então você deve usar as opções upsert + multi no método de atualização:
db.foo.update({value: { $in: arrayOfValues}}, {$inc: {count:1}}, { upsert: true, multi: true });

Saída de teste:
> db.createCollection("test");
{ "ok" : 1 }
> db.test.insertMany([{value: "a"}, {value: "b"}, {value: "c"}];
... );
2017-12-31T12:12:18.040+0200 E QUERY    [thread1] SyntaxError: missing ) after argument list @(shell):1:61
> db.test.insertMany([{value: "a"}, {value: "b"}, {value: "c"}]);
{
    "acknowledged" : true,
    "insertedIds" : [
        ObjectId("5a48b8061b98cc5ac252e435"),
        ObjectId("5a48b8061b98cc5ac252e436"),
        ObjectId("5a48b8061b98cc5ac252e437")
    ]
}
> db.test.find();
{ "_id" : ObjectId("5a48b8061b98cc5ac252e435"), "value" : "a" }
{ "_id" : ObjectId("5a48b8061b98cc5ac252e436"), "value" : "b" }
{ "_id" : ObjectId("5a48b8061b98cc5ac252e437"), "value" : "c" }
> db.test.update({value: { $in: ["a", "b", "c"]}}, {$inc: {count:1}}, { upsert: true, multi: true });
WriteResult({ "nMatched" : 3, "nUpserted" : 0, "nModified" : 3 })
> db.test.find();
{ "_id" : ObjectId("5a48b8061b98cc5ac252e435"), "value" : "a", "count" : 1 }
{ "_id" : ObjectId("5a48b8061b98cc5ac252e436"), "value" : "b", "count" : 1 }
{ "_id" : ObjectId("5a48b8061b98cc5ac252e437"), "value" : "c", "count" : 1 }
> db.test.update({value: { $in: ["a", "b", "c"]}}, {$inc: {count:1}}, { upsert: true, multi: true });
WriteResult({ "nMatched" : 3, "nUpserted" : 0, "nModified" : 3 })
> db.test.find();
{ "_id" : ObjectId("5a48b8061b98cc5ac252e435"), "value" : "a", "count" : 2 }
{ "_id" : ObjectId("5a48b8061b98cc5ac252e436"), "value" : "b", "count" : 2 }
{ "_id" : ObjectId("5a48b8061b98cc5ac252e437"), "value" : "c", "count" : 2 }
> db.test.update({value: { $in: ["a", "b", "c"]}}, {$inc: {count:1}}, { upsert: true, multi: true });
WriteResult({ "nMatched" : 3, "nUpserted" : 0, "nModified" : 3 })

Espero que tenha sido útil :)