Atualmente, isso não é possível com o índice TTL. O Mongod removerá todo o documento após um número especificado de segundos ou em um horário específico.

Eu recomendaria que você armazenasse o subdocumento de sessão em uma coleção separada e adicionasse um índice TTL nessa coleção.

Se você não puder alterar seu esquema, a alternativa é criar um trabalho em segundo plano que excluirá documentos aninhados de sua coleção a cada 60 segundos.