Como o resultado de find()->limit()->skip() é um Mongo_Cursor, você não precisa executar a consulta real duas vezes.
O seguinte também deve funcionar:
$skip = (int)($docs_per_page * ($page - 1));
$limit = $docs_per_page;
$query = array("loc" => array('$near' => array('lat' => $latitude, 'lon' => $longitute) ),
"tags" => $tag, "seeking" => $this->session->userdata('gender'),
"gender" => $this->session->userdata('seeking'));
$fields = array("username", "zipcode", "tags", "birth_date");
$cursor = $collection->find($query, $fields)->limit($limit)->skip($skip);
$total_documents = $cursor->count();
$data['result'] = $cursor;
btw eu primeiro interpretei mal sua pergunta, pensei que você não sabia sobre limite e pulo.
