Pelo que entendi, você tem estrutura de documentos assim:
{
"someProperty" : 1,
"sendingUser" : {
userID : 34343,
name : "Joe Bloggs"
},
"recivingUser" : {
userID : 34345,
name : "Joe Bloggs"
}
}
Então, se você precisar encontrar o usuário de envio com userID =34345, você só precisa fazer o seguinte (acho que é assim, porque na verdade estou trabalhando com o driver c # para mongo):
DBCollection coll = db.getCollection("privateMessages")
query = new BasicDBObject();
query.put("sendingUser.userID", new BasicDBObject("$eq", 34345));
cur = coll.find(query); // all documents with sendingUser.userID = 34345 will be //returned by cursor
Verifique também o tutorial para driver java
