Isso não é um bug, é uma limitação conhecida do MergeBox do meteoro. É um daqueles problemas confusos que incomodam a maioria dos desenvolvedores de meteoros uma vez.
Dos documentos:
Se mais de uma assinatura enviar valores conflitantes para um campo (mesmo nome de coleção, ID de documento e nome de campo), o valor no cliente será um dos valores publicados, escolhidos arbitrariamente.
Você pode ver este post para possíveis soluções alternativas. No seu exemplo, você poderia modifique sua publicação para se parecer com:
Meteor.publish 'fooList', ->
Foo.find {}, fields: foo: 1, bar: 1
Isso publicaria todas as
bar de nível superior campo que evita o conflito, mas pode não ser aceitável em seu caso de uso específico. 
