Dada uma lista de ids, qual é a melhor maneira de consultar quais ids não existem na coleção?

Suponho que você tenha os seguintes documentos em sua coleção:

{ "_id" : ObjectId("55b725fd7279ca22edb618bb"), "id" : 1 }
{ "_id" : ObjectId("55b725fd7279ca22edb618bc"), "id" : 2 }
{ "_id" : ObjectId("55b725fd7279ca22edb618bd"), "id" : 3 }
{ "_id" : ObjectId("55b725fd7279ca22edb618be"), "id" : 4 }
{ "_id" : ObjectId("55b725fd7279ca22edb618bf"), "id" : 5 }
{ "_id" : ObjectId("55b725fd7279ca22edb618c0"), "id" : 6 }

e a seguinte lista de id

var listId = [ 1, 3, 7, 9, 8, 35 ];

Podemos usar o .filter método para retornar o array de ids que não está em sua coleção.

var result = listId.filter(function(el){
    return db.collection.distinct('id').indexOf(el) == -1; });

Isso rende

[ 7, 9, 8, 35 ]

Agora você também pode usar as estruturas de agregação e o $setDifference operador.

db.collection.aggregate([
   { "$group": { "_id": null, "ids": { "$addToSet": "$id" }}}, 
   { "$project" : { "missingIds": { "$setDifference": [ listId, "$ids" ]}, "_id": 0 }}
])

Isso rende:

{ "missingIds" : [ 7, 9, 8, 35 ] }