Use
$ifNull em vez de $cond em seu $project :{ $project: {MyKey: {$ifNull: ['$A', '$B'] }}}
Se
A existe e não é null seu valor será utilizado; caso contrário, o valor de B é usado. $ifNull em vez de $cond em seu $project :{ $project: {MyKey: {$ifNull: ['$A', '$B'] }}}
A existe e não é null seu valor será utilizado; caso contrário, o valor de B é usado.