Isso acontece porque você está salvando o documento duplicado antes de
mongoose terminou de criar o índice. O Mongoose cria os índices em movimento, após o início do aplicativo. Portanto, para garantir que seu documento seja salvo somente após a criação dos índices, você deve ouvir o
index evento do seu modelo. Por exemplo:Model.on('index', function (error) {
console.log(jp);
jp.save(function(err){
console.log(err);
var jp2 = new Model({ phone: "123456"});
console.log(jp2);
jp2.save(function(err){
console.log(err);
process.exit();
});
})
});
Agora, quando você tentar salvar o segundo documento (o duplicado), seu MongoDB gerará um erro, porque seu
save as chamadas serão executadas apenas após a criação dos índices. 
