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Converter data de milissegundos para objeto ISODate


Na verdade, é possível, o truque é adicionar seu tempo de milissegundos a um objeto Date() de zero milissegundos usando uma sintaxe semelhante a:
dt : {$add: [new Date(0), "$time"]}

Modifiquei sua agregação de cima para produzir o resultado:
db.events.aggregate(
    {
        $project : {
            _id : "$_id",
            dt : {$add: [new Date(0), "$time"]}
        }
    },
    { 
        $project : {
            _id : "$_id",
            date : { 
                hour : {$hour : "$dt"} 
            }
        }
    }
);

O resultado é (com uma entrada de seus dados de amostra):
{
  "result": [
    {
      "_id": ObjectId("532828ac338ed9c33aa8eca7"),
      "date": {
        "hour": 11
      }
    }
  ],
  "ok": 1
}