Outro motivo pelo qual você pode receber esse erro é se você usar o mesmo modelo em arquivos diferentes, mas seu require caminho tem um caso diferente.

Por exemplo, na minha situação eu tinha require('./models/User') em um arquivo e, em seguida, em outro arquivo onde eu precisava acessar o modelo User, eu tinha require('./models/user') .

Acho que a pesquisa de módulos e mangusto está tratando-o como um arquivo diferente. Uma vez que me certifiquei de que o caso correspondia em ambos, não era mais um problema.