Você instalou um JRE e não um JDK.

Para compilar o código nativo JNI, você precisa instalar um JDK, que vem com o cabeçalho jni.h apropriado, bem como os cabeçalhos específicos do SO.

Ao fazer isso, atualize seu caminho de inclusão para

-I <path_to_jdk>/include -I <path_to_jdk>/include/linux