Essa limitação de banco de dados ainda existe com o hibernate. Se você realmente precisar ter mais de 1.000 itens em sua cláusula in, terá que dividir a lista no código e executar a consulta para cada bloco de 1.000 chaves e, em seguida, anexar os conjuntos de resultados.

Observe que esse hack é interrompido se sua consulta precisar classificar ou agregar os resultados da consulta porque o conjunto completo de resultados só será conhecido no código. Nesse caso, é melhor encontrar outra maneira de escrever a consulta que não exija um IN cláusula.