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Selecione duas colunas da mesma tabela com diferentes condições WHERE


Você está procurando um agregado filtrado:
SELECT COUNT(DISTINCT 
             case when 
                MODIFIED_DATE BETWEEN TO_DATE('{RUN_DATE_YYYYMMDD}','YYYYMMDD') - 56 
                                  AND TO_DATE('{RUN_DATE_YYYYMMDD}','YYYYMMDD') - 49
               then CASE_ID 
             end) as c1,
        COUNT(DISTINCT 
               case when 
                  MODIFIED_DATE BETWEEN TO_DATE('{RUN_DATE_YYYYMMDD}','YYYYMMDD')-49  
                                    AND TO_DATE('{RUN_DATE_YYYYMMDD}','YYYYMMDD')-42 
                  then CASE_ID 
               end) as c2
from t1 
WHERE MODIFIED_DATE 
         BETWEEN TO_DATE('{RUN_DATE_YYYYMMDD}','YYYYMMDD') - 56 
             AND TO_DATE('{RUN_DATE_YYYYMMDD}','YYYYMMDD') - 42 

Observe que o WHERE cláusula agora precisa cobrir ambos os intervalos.