Se você puder modificar a consulta em java, poderá fazer algo assim:
SELECT t.id
FROM t_test t
ORDER BY DECODE(t.id, 3, 'A', 'B') ASC,
DECODE(t.id, 4, 'A', 'B') ASC,
DECODE(t.id, 5, 'A', 'B') ASC,
DECODE(t.id, 6, 'A', 'B') ASC,
DECODE(t.id, 1, 'A', 'B') ASC,
DECODE(t.id, 2, 'A', 'B') ASC;
Você tem que colocar uma decodificação na cláusula order by para cada elemento na lista. O segundo parâmetro em cada decodificação é um elemento da lista.