Depende das operações que ocorrem na mesa.

Se houver muitos SELECTs e poucas alterações, indexe o quanto quiser.... isso (potencialmente) acelerará as instruções SELECT.

Se a tabela for fortemente atingida por UPDATEs, INSERTs + DELETEs ... estes serão muito lentos com muitos índices, pois todos precisam ser modificados cada vez que uma dessas operações ocorrer

Dito isso, você pode adicionar claramente muitos índices inúteis a uma tabela que não fará nada. Adicionar índices B-Tree a uma coluna com 2 valores distintos será inútil, pois não adiciona nada em termos de pesquisa de dados. Quanto mais exclusivos os valores em uma coluna, mais ela se beneficiará de um índice.