select * from
(select c.* from cool_table c
where date >= to_date('200901010000', 'YYYYMMDDhh24mi')
order by seq_nr, entry_dts)
where rownum < 50
Você precisa garantir que a ordenação seja feita antes da filtragem de rownum (caso contrário, levará as primeiras 50 linhas que encontrar e, em seguida, ordene-as)
