Você pode adicionar SET NOCOUNT ON antes de declarar as variáveis. Trabalho perfeitamente no Excel 2010 com Microsoft Query e SQL Server 2005.
SET NOCOUNT ON
DECLARE @VAR1 VARCHAR(4)
SET @VAR1 = '1234'
SELECT @VAR1
https://social.msdn.microsoft.com/Forums/office/en-US/d8003854-d11a-44f7-960c-a042347736d7 /microsoft-query-cannot-run-sql-code-with-a-tsql-variables-in-it?forum=exceldev