Resposta atrasada, mas pode ser útil para os visitantes do tópico

Além de outras soluções mencionadas, posso sugerir tentar o ApexSQL Data Diff. Ele pode comparar e sincronizar dados de banco de dados do SQL Server (em bancos de dados ativos, bem como backups) e automatizar e agendar migrações de dados. Ele também funciona com bancos de dados enormes e é capaz de realizar comparações diretamente do SSMS.

Você pode baixar esta ferramenta gratuitamente e brincar com ela. Ele apresenta uma avaliação gratuita totalmente funcional e oferece uma edição da comunidade (após o término do período de avaliação) que funciona no SQL Express e no Banco de Dados SQL do Azure.

Para saber mais sobre a ferramenta, você pode visitar http://www.apexsql.com/sql_tools_datadiff.aspx