Você precisa especificar
NOT NULL explicitamente em um ALTER TABLE ... ALTER COLUMN caso contrário, o padrão permite NULL . Isso não é permitido em uma coluna PK. O seguinte funciona bem.
CREATE TABLE p
(
ReferenceID VARCHAR(6) NOT NULL PRIMARY KEY
)
INSERT INTO p VALUES ('AAAAAA')
ALTER TABLE p ALTER COLUMN ReferenceID VARCHAR(8) NOT NULL
quando o
NOT NULL é omitido, dá o seguinte erro Msg 5074, Level 16, State 1, Line 1
The object 'PK__p__E1A99A792180FB33' is dependent on column 'ReferenceID'.
Msg 4922, Level 16, State 9, Line 1
ALTER TABLE ALTER COLUMN ReferenceID failed because one or more objects access this column.
Algumas coisas a serem consideradas em sua abordagem programática é que você faria precisa descartar qualquer chave estrangeira referenciando o
ReferenceID colunas temporariamente e também certifique-se de não incluir o NOT NULL para (não PK) ReferenceID colunas que atualmente são anulável. 
