Outra opção é adicionar algo assim aos parâmetros da VM da classe principal do projeto:
-Djava.library.path="C:\Program Files\Microsoft JDBC Driver 4.0 for SQL Server\sqljdbc_4.0\enu\auth\x64"
(especificando o caminho para o arquivo sqljdbc_auth.dll). Não há necessidade de alterar os parâmetros de ambiente PATH ou Eclipse IDE jvm.
Para a classe principal do projeto, selecione a opção de menu
Run As >> Run Configurations... 
