Se você ler o artigo aqui:https://dba.stackexchange.com/questions/692/sql-server-2008-cross-database-performance-on-same-physical-machine-and-server você perceberá que não terá penalidade de desempenho porque o otimizador de consultas será apenas um. A diferença será apenas se você usar consultas entre instâncias. Nesse caso, a consulta será analisada por analisadores de consulta separados em ambas as instâncias.

Os possíveis problemas que podem ocorrer no seu caso estão relacionados ao gerenciamento. Leia como gerenciar a propriedade entre bancos de dados aqui:http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms188676.aspx