Sugiro um índice filtrado, como WHERE column IS NOT NULL; - isso permitirá que você crie um índice que apenas se preocupe em indexar os valores não NULL e ignore todas as linhas sem valor. Você provavelmente desejará ter certeza de que o índice cobre as consultas que deseja executar com esse tipo de predicado, para que você não precise voltar para a tabela inteira para pesquisar as outras colunas que a consulta precisa produzir (ou usar em uma junção, ou filtro de outra forma, etc).

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